После событий, имевших место в Splinter Cell Double Agent, Сэм Фишер оказывается предоставлен сам себе. Те, на кого он раньше работал,объявили нашего героя вне закона, поэтому бывший агент «Третьего эшелона» вынужден скрываться. Проходит некоторое время, и Сэм узнает, что в государственной структуре самой демократичной страны в мире не все так уж и демократично. Любимое АНБ погрязло в коррупции, а бывшей коллеге - Анне Гримсдоттир, некогда специалисту по обеспечению технической и коммуникационной поддержки агентов Splinter Cell «в поле», грозит смертельная опасность.
